Hinweise zu Abschlussarbeiten

Warum eine Abschlussarbeit in der Bioinformatik?

Die Interessen der Gruppe liegen vor allem im Bereich der Algorithmischen Bioinformatik und speziell bei Algorithmen für die Sequenzanalyse.
Hier bietet sich die Gelegenheit, alles, was man im Studium über Entwurf und Analyse von Algorithmen gelernt hat, in den Lebenswissenschaften anzuwenden.
Wer die aktuellen Nachrichten verfolgt, merkt, dass uns im Bereich der Molekulargenetik weitere Revolutionen bevorstehen. Was hat es mit der Behauptung auf sich, künstlich erschaffene Lebewesen (Bakterien) könnten uns möglicherweise beim Kampf gegen den Klimawandel helfen?
Die heutige Molekularbiologie ist so komplex geworden, dass sich ohne Informatik-Unterstützung kaum Übersicht in den Datenwust bringen lässt. Die Datenmengen (Genomdaten, Massenspektren, Mikroskopie-Aufnahmen) sind so groß, dass wir praktisch ständig am Limit des technisch machbaren (Speicherkapazitäten, Prozessor-Geschwindigkeit) arbeiten.
Hier sind clever entworfene, effiziente Algorithmen besonders wichtig. Es wird klar, dass “Algorithm Engineering” nicht Selbstzweck ist, sondern gut designte Algorithmen bestimmte Probleme erst lösbar machen, die vorher in angemessener Zeit nicht lösbar waren.
Wer zudem den Dialog mit Biologen, Chemikern, und Biotechnologen aktiv sucht und andere Disziplinen verstehen lernt, hat als Informatiker bei den Unternehmen der entsprechenden Branchen hervorragende Berufschancen.

Wie bekommt und bearbeitet man ein Thema?

Folgender Ablauf ist empfehlenswert:

Besuch einer einschlägigen Vorlesung (bei uns z.B.: “Algorithms for Sequence Analysis”)
Danach Belegung eines Seminars zum Thema zur Vertiefung
Vorausgesetzt, die Prüfung zur Vorlesung und das Seminar sind akzeptabel gut verlaufen, ist jetzt ein guter Zeitpunkt, starkes Interesse zu signalisieren: Vereinbaren Sie einen Termin, um mögliche Themen zu besprechen. Informieren Sie sich am besten vorab über unsere Forschung und mögliche Themen (die aber nicht immer ganz aktuell sind).
Wir legen die grobe Richtung fest.
Es folgt die Zeit des Bachelor- bzw. Master-Seminars, das der Einarbeitung in das Thema dient. Hier erarbeiten Sie sich den aktuellen Stand der Forschung und halten am Ende darüber einen benoteten Vortrag. Sie können auch mit der prototypischen Umsetzung eigener Ideen anfangen, um Erfahrungen zu sammeln.
Nach Beendigung des Seminars bekommen sie formal das eigentliche Thema und haben nun einen begrenzten Zeitraum, das Thema zu bearbeiten. Zu Beginn wird ausserdem der/die Zweitprüfer/in festgelegt.
Sie geben die Arbeit ab.
Sie verteidigen die Arbeit in einem Kolloquium.
Sie erhalten von jedem Gutachter bzw. jeder Gutachterin die Noten für Ihre Arbeit. Auch eine vorläufige Bescheinigung über das Bestehen kann erst nach Schritt 8 (Kolloquium) ausgestellt werden.

Tipps

Bitte machen Sie sich mit der Prüfungsordnung vertraut (am Anfang Ihres Studiums; jetzt ist es eigentlich zu spät).
Lernen Sie die Feinheiten Ihres Textverarbeitungs- oder Schriftsatzsystems kennen, bevor Sie eine längere wichtige Arbeit schreiben. (Das sollte eigentlich zum Zeitpunkt Ihres erstem Proseminars stattgefunden haben!)
Wir werden uns regelmässig besprechen. Im Schnitt halte ich wöchentliche bis 14-tägige Termine für sinnvoll. Es gibt jede Woche einen gemeinsamen Termin mit allen Gruppenmitgliedern (“group meeting”), wo Sie kurz Ihre aktuellen Aktivitäten berichten. Zusätzlich vereinbaren wir individuelle Gespräche.
Bitte bereiten Sie sich gut auf diese Betreuungs-Gespräche vor. Erstellen Sie eine Liste mit Fragen und Unklarheiten, damit wir nichts vergessen.
Sie müssen nicht zu Gesprächen kommen. Aber: Ich empfehle dringend, vom Betreuungsangebot Gebrauch zu machen, denn Sie arbeiten ansonsten voll und ganz auf eigenes Risiko. Manchen Menschen liegt das aber, und ich will niemanden zwingen.
Haben Sie keine Angst, in den Betreuungsgesprächen Fehler zu machen oder zuzugeben. Das ist die beste Methode, um dazuzulernen.
Beispiel: In einem Artikel steht, die Laufzeit eines Algorithmus sei O(n²). Beim Nachvollziehen kommen Sie aber auf O(n² log n). Machen Sie im Gespräch klar, warum Sie denken, dass der Autor falsch liegt. Vielleicht haben Sie Recht. Vielleicht sehen Sie auch nicht, was das entscheidende Argument ist. Wichtig ist, dass Sie Gründe für Ihren Standpunkt haben und wir in der Diskussion klären können, wer Recht hat.
Schlecht hingegen wäre es, wenn sich in der abgegebenen Arbeit viele elementare Fehler finden.
Sie können jederzeit Fragen per e-mail an mich richten.
Der Arbeitsaufwand ist laut Prüfungsordnung hoch: Bei der Bearbeitungsdauer von 6 Montaten (Master) wird von einer Vollzeit-Beschäftigung ausgegangen.

Abgabe und Benotung

Für die schriftliche Arbeit gelten meine Hinweise zu Ausarbeitungen, wie sie auch für Seminare und Proseminare gelten.
Für die Einhaltung der formalen Randbedingungen und Fristen sind Sie selbst verantwortlich.
Bei der Benotung kommen grundsätzlich alle Noten in Frage.
Der Vollständigkeit halber sei darauf hingewiesen, dass eine Abschlussarbeit mit “nicht ausreichend” bewertet werden kann (siehe die jeweils gültige Prüfungsordnung).
Es sollte in Ihrem eigenen Interesse liegen, eine gute oder sogar sehr gute Arbeit zu schreiben. Die Prüfungsordnung sagt dazu, dass eine solche Arbeit über den durchschnittlichen Anforderungen liegen muss.
Leider werden manchmal Teile einer Arbeit aus anderen Quellen abgeschrieben, ohne dass die Quellen genannt werden. Gegenüber Plagiaten gibt es Null Toleranz. In solchen Fällen ist die Abschlussarbeit selbstredend nicht bestanden. Nähere Informationen zu Plagiaten.