Proteinevolution wird auf Aminosäure-Ebene häufig als zeitstetiger Markovprozess mit speziellen Eigenschaften modelliert. Man spricht von einem evolutionären Markovprozess (EMP). Wenn Protein-Alignments verschiedener unbekannter evolutionärer Abstände gegeben sind, besteht das Problem darin, die zugrunde liegende Generator-Matrix (Q-Matrix) des EMPs zu schätzen. Zusammen mit Dr. Tobias Müller (Bioinformatik, Biozentrum Würzburg) haben wir ein Schätzverfahren entwickelt, dass noch verfeinert und effizient implementiert werden soll. Daran schließen sich Tests auf großen Proteindatenbanken (wie UniProt) an. Sichere Kenntnisse in Linearer Algebra (Eigenwerte, etc.) sind nötig.