Durch Bisulfit-Behandlug von DNA und anschließende Sequenzierung kann man feststellen, ob ein C in einem CpG-Dinukleotid methyliert war oder nicht.
Den Methylierungszustand von einzelnen Cs kann man mit sogenannten Lollipop-Plots visualisieren (Beispiel aus dem British Journal of Cancer).
Aufgabe der Arbeit ist, aus einer grossen Menge von gegebenen (Bisulfit-behandelten) Sequenzreads und zu gegebenen interessanten Regionen des Genoms automatisch solche Plots zu generieren; dabei kann die Art der Darstellung kreativ modifiziert werden.
Nähere Details können von Marcel Martin und Sven Rahmann erfragt werden.