Themenvorschläge

Die folgenden Themen sind nur Vorschläge. Eigene Ideen und Initiativen, sowie Arbeiten in Kooperation mit Arbeitsgruppen aus den Natur- und Lebenswissenschaften oder Firmen sind sehr willkommen!
Es bedeuten: (B) vor allem für Bachelorarbeiten geeignet, (M,D) vor allem für Master- oder Diplomarbeiten geeignet.

• (B) Probabilistische Analyse verschiedener Pattern-Matching-Algorithmen
• (B) Evaluation der Qualitätswerte von SOLiD-Reads in DNA-Sequenzierprojekten
• (B) Erwartete Massenspektren von Proteinfamilien
• (B) Mapping und Visualisierung von Bisulfit-behandelten Sequenzreads zur Ermittlung des Methylierungsstatus von DNA-Abschnitten
  
• (B) Beschleunigung eines Ionenmobilitätsspektrometrie-Analyseverfahrens
• (B,M,D) Curve-Fitting mittels NLP
• (B,M,D) Effiziente Motivsuche auf GPUs
• (B,M,D) Simulation und Rekonstruktion regulierter metabolischer Netzwerke (in Kooperation mit Prof. Oliver Kayser, Technische Biochemie)
  
• (M,D) Entwurf eines Sequenzindex basierend auf Runs
• (M,D) Datenstrukturen für große Genomprojekte
• (M,D) Schätzen des Generators von Evolutionären Markovprozessen

Sprechen Sie bei Interesse gerne Prof. Rahmann an. Es empfiehlt sich eine Terminvereinbarung per e-mail.
Bitte beachten Sie auch unbedingt die wichtigen Hinweise zu Abschlussarbeiten!

Laufende und abgeschlossene Arbeiten (Auswahl)

• Entwurf einer Datenstruktur für Pangenome (Christiane Küch)
• Mining von Constraints in Proteinhypernetzwerken mit Hilfe der PubMed-Datenbank (Michael Nimbs)
• Das Maximum Density Subsegment Problem bei der Analyse von SNP-Daten (Manuel Allhof)
• Design von Oligonukleotid-Bibliotheken in der DNA-Nanotechnologie (Marianna D'Addario, Kooperation mit Nils Kriege, AG Mutzel, und Prof. Niemeyer, Chemie)
  
• Algorithms for the Minimum String Cover Problem (Chris Schwiegelshohn)
  
• On-line Analyse von zweidimensionalen Spektrometriedaten (Robert Kirberich)
  
• Proteinhypernetzwerke (Johannes Köster, Kooperation mit Dr. Eli Zamir, MPI für Molekulare Physiologie)
• Analyse von Ionenmobilitätsspektroskopie-Daten (Dominik Kopczynski, Kooperation mit Dr. Baumbach, B&S-Analytik GmbH)
• Theoretische Analyse und Entwurf stochastischer Rekombinationssysteme wie Brainbow (Thorsten Glebocki, Stefan Pöter)
  
• Bewertung und Vorhersage kreuzhybridisierender Sonden auf Exon-Arrays (Djamila Lindemann)
• Evolutionäre Algorithmen zur Motivsuche in DNA-Sequenzen (Frank Behler)
• Analyse eines BWT-basierten Suffixarraykonstruktionsalgorithmus (Jasmin Smula)